Dinas pekerjaan umum terbentuk pada tanggal 4 oktober 1999 berdasarkan : Undang-undang ri no. 47 tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan undang-undang nomor 7 tahun 2000 tentang pembentukan kabupaten Nunukan, Kabupaten Kutai Barat, Kabupaten Kutai Timur, dan Kota Bontang ( Lembaran Negara Tahun 1999 Nomor 175, Tambahan Lembaran Negara Nomor 3896) Sebagaimana Telah Diubah Dengan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 2000 Lembaran Negara Tahun 2000 Nomor 74, Tambahan Lembaran Negara Nomor 3962) Peraturan Daerah Kabupaten Kutai Timur Nomor 06 Tahun 2001 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan Umum Kabupaten Kutai Timur.
Kabupaten Kutai Timur sebagai bagian wilayah Propinsi Kalimantan Timur merupakan daerah otonomi baru yang dibentuk pada tahun 1999 berdasarkan Undang-Undang Nomor 47 Tahun 1999. Seperti juga daerah otonom lainnya di Indonesia, telah melakukan pembangunan berkesinambungan dan bertahap yang dicerminkan dari jabaran Program Pembangunan Daerah (PROPEDA) yang berlaku sampai dengan tahun 2016. Secara geografis, posisi wilayah memberikan arti yang sangat penting karena menempatkan Kabupaten Kutai Timur sebagai wilayah hinterland dan wilayah penyangga kawasan pertumbuhan ekonomi regional wilayah Propinsi Kalimantan Timur bagian tengah yang sedang tumbuh dan berkembang. Pelaksanaan pembangunan telah dilalui dengan berbagai tantangan dan hambatan serta didukung dengan berbagai potensi sumberdaya alam dan sumberdaya manusia yang diolah seoptimal mungkin.